1、土地使用年限不同:商业住宅土地使用年限为40-50年；商品住宅土地使用年限为70年。
2、产权性质不同:商品住宅属于商品属性的普通住宅；商业住宅属于非普通住宅。商业住宅楼特点一般是下层为商业网点，上层为民用住宅。
3.主要区别是使用性质不同，商住可以申请营业执照办公，住宅就不行.另外商住产权是50年，住宅是70年.交易过户的费用商住要明显比住宅高.
4.涉及将来的水，电等等费用，要高一些 另：住宅用地的使用期是70年，《物权法》明文规定：到期自动续约。商业用地使用期50年，《物权法》没有对其到期后如何处理做明文规定.

一般来讲，土地原有的规划性质，如商业、综合、住宅这几类，开发商在签订了土地使用权合同后，是无法改变的。
但出于市场的不同需要，开发商可以做出与原有土地使用性质不同的产品。比如在商业性质用地上建设产品定位为住宅的房产，或者在住宅性质用地上建设产品定位为商业的房产。虽然购房者最终取得的产权证的用地性质仍为原来的土地使用权证的土地性质，但购房者可以将房产做其他用途使用。

土地性质不同用途房产的弊端主要有以下几点：

1、使用年限:商业配套40年，办公50年，比住宅的70年缩水严重。
2、交易税费:初次购买或者转让时的契税按照3%收取，而住宅为1.5%；如果国家开征物业税、土地增值税，商业用房的标准也会比住宅高。
3、按揭方式:大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。另40年产权或者50年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭，最长贷款年限10年[参见南京律师网www.njLawyer.cn]。
4、日常生活成本:如按公建用途规定，其水、电、暖等使用费用都将采取商用价格。所以，对于购房者应该在购房时询问清楚。目前，开发商大多在前期开发中采取相应的补救措施，能按民用价格缴纳。
5、设计标准:设计导向不同。公建物业受朝向、采光、进深等限制较少，而普通住宅的要求较高。
6、落户问题:无法迁入户口

优点主要有以下几点：
1、关于保值性
开发商能将土地建造成本都较高的商用房，改为住宅出售，主要由于住宅可变性强、风险小、销售速度快、资金回笼时间短等因素，当然，最关键的原因在于区域的住宅稀缺性强，能实现较高的利润价值！因此购房者在购买这类住房时，往往也是由于缺乏其他的选择导致的，房产相应的保值性也比较好。
2、关于建造标准
非住宅的房屋建设标准不同。如果按照公建相关要求，人防和消防等建设标准都较高，对开发商而言，成本将提高，但对购房者的使用影响不大。